Péče o přírodu a krajinu na pozemcích, které má AOPK ČR ve správě, tedy je na těchto pozemcích orgánem ochrany přírody, se financuje z národních i evropských zdrojů a to pomocí různých forem podpor. Jsou to zejména veřejnoprávní smlouvy, dotační nástroje a ​​​​​​​nárokové platby.

AOPK ČR je zároveň příslušná k hospodaření s majetkem státu na množství pozemků, které se nacházejí převážně ve zvláště chráněných územích. V těchto cenných územích stát prostřednictvím AOPK ČR naplňuje plány péče, které pro záchranu, udržení nebo zlepšení předmětu ochrany často vyžadují specifické hospodaření. Za účelem doplňování a scelování státního vlastnictví v těchto přírodně cenných územích, dále probíhají výkupy, bezúplatné převody nebo dary pozemků. Péči o tato cenná území AOPK ČR zajišťuje prostřednictví smluv o dílo především s místními subjekty, jako jsou drobní hospodáři, obce, nestátní neziskové organizace a další.