Převážnou část území chráněné krajinné oblasti tvoří masiv Blanského lesa charakteristický slídnatým granulitem (tzv. bělokámen). V centrální části masivu jsou rozšířeny serpentinity (dříve hadce), jejichž zvětráváním vznikají sloučeniny pro rostliny toxické. V okolí Křemže je na zvětraliny těchto hornin vázáno ložisko niklu a rovněž naleziště drobných granátů. Granáty se nacházejí také na vrchu Granátníku. V severní části území se vyskytují vltavíny a u Bohouškovic a Zlaté Koruny také opály.

Jižní a jihovýchodní část území je budována horninami pestré tzv. českokrumlovské série, v níž se střídají krystalické vápence, amfibolity, grafitické horniny a erlány. Grafit (tuha) se v okolí Českého Krumlova těžil již ve středověku, kdy se používal na výrobu žáruvzdorné keramiky.